| № | 年代 | 場所 | 主人公 | 入手ルート | 登場人物 | |
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| カウントダウン発見 | 9 | 2104年 | 基底部 | 冬坂五百里 | カウントダウン | - |
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| エイガ | 12 | 2104年 | 反逆者たちの潜伏先 | 鞍部十郎 | エイガ | - |
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| アクム | 15 | 2065年 | 破壊された都市中心部 | 鞍部十郎 | アクム | - |
| 託された悲願 | 16 | 1985年 | 破壊された市街地 | 網口愁 | プロローグ | - |
| 再会 | 17 | 2089年 | 花楓川 すみれ橋 | 冬坂五百里 | 未来から来た同志 | - |
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| 未来から来た少年 | 31 | 2024年（10月） | さつき池公園 | 薬師寺恵 | プロローグ | 鞍部十郎 |
| 薬師寺恵 | ||||||
| 如月兎美 | ||||||
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| 堂路桐子の正体 | 38 | 1944年 | 常坂神社 | 比治山隆俊 | プロローグ | 関ケ原瑛 |
| 比治山隆俊 | ||||||
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| 失いたくない記憶 | 45 | 1985年 | 咲良高校校庭 | 薬師寺恵 | プロローグ | 鞍部十郎 |
| 薬師寺恵 | ||||||
| 如月兎美 | ||||||
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| まさかのヒトメボレ | 48 | 1985年 | 咲良高校前 | 冬坂五百里 | プロローグ | 冬坂五百里 |
| 関ケ原瑛 | ||||||
| オテンバ娘たち | 49 | 1985年 | 咲良高校旧校舎教室 | 冬坂五百里 | プロローグ | 冬坂五百里 |
| 薬師寺恵 | ||||||
| 南奈津乃 | ||||||
| 如月兎美 | ||||||
| 夢倶楽部 | 50 | 1985年 | 咲良高校旧校舎渡り廊下 | 冬坂五百里 | プロローグ | 鞍部十郎 |
| 冬坂五百里 | ||||||
| 網口愁 | ||||||
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| すみれ橋の夢の話 | 52 | 1985年 | 咲良高校旧校舎渡り廊下 | 冬坂五百里 | 未来から来た同志 | 鞍部十郎 |
| 冬坂五百里 | ||||||
| 網口愁 | ||||||
| UFOの夢の話 | 53 | 1985年 | 咲良高校正門 | 冬坂五百里 | カウントダウン | 鞍部十郎 |
| 冬坂五百里 | ||||||
| 薬師寺恵 | ||||||
| 如月兎美 | ||||||
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| 特務機構 | 72 | 1985年 | 徳美機関長室 | 鷹宮由貴 | プロローグ | 鷹宮由貴 |
| 東雲諒子 | ||||||
| 輪島VS鷹宮 | 73 | 1985年 | 芥屋木町商店街 | 網口愁 | プロローグ | 網口愁 |
| 鷹宮由貴 | ||||||
| タンデム | 74 | 1985年 | 石蕗バイパス自動車道 | 網口愁 | プロローグ | 網口愁 |
| 鷹宮由貴 | ||||||
| 目撃 | 75 | 1985年 | 蒼井区御形通り | 網口愁 | プロローグ | 網口愁 |
| 鷹宮由貴 | ||||||
| アイドル因幡深雪 | 76 | 1985年 | 網口の自室 | 網口愁 | プロローグ | 網口愁 |
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| なっちゃんとユキちゃん | 82 | 1985年 | 咲良高校部室棟 | 鷹宮由貴 | プロローグ | 南奈津乃 |
| 緒方稔二 | ||||||
| 網口愁 | ||||||
| 鷹宮由貴 | ||||||
| 83 | ||||||
| 南奈津乃の日常 | 84 | 1985年 | 咲良高校新校舎廊下 | 南奈津乃 | プロローグ | 鞍部十郎 |
| 冬坂五百里 | ||||||
| 南奈津乃 | ||||||
| 緒方稔次 | ||||||
| 鷹宮由貴 | ||||||
| MIBとの遭遇 | 85 | 1985年 | 咲良高校部室棟 | 南奈津乃 | プロローグ | 関ケ原瑛 |
| 南奈津乃 | ||||||
| HELLO!BJ | 86 | 1985年 | 咲良高校陸上部部室 | 南奈津乃 | プロローグ | 南奈津乃 |
| 緒方稔二 | ||||||
| 転移ゲート | 87 | 1985年 | 常坂神社 | 南奈津乃 | プロローグ | 南奈津乃 |
| 宇宙戦争 | 88 | 2065年 | 破壊された都市中心部 | 南奈津乃 | プロローグ | 南奈津乃 |
| ピカピカの旧校舎 | 89 | 1945年 | 咲良国民学校廊下 | 南奈津乃 | 時空を超えた出会い | 郷登蓮也 |
| 南奈津乃 | ||||||
| 謎の少年の暗躍 | 90 | 1945年 | 彩芽峠機兵工廠 | 南奈津乃 | 時空を超えた出会い | 南奈津乃 |
| 三浦慶太郎 | ||||||
| 時空を超えた出会い | 91 | 1945年 | 常坂神社 | 南奈津乃 | 時空を超えた出会い | 南奈津乃 |
| 三浦慶太郎 | ||||||
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| 幼馴染はMIB | 103 | 1985年 | 咲良高校新校舎廊下 | 南奈津乃 | 幼馴染はMIB | 南奈津乃 |
| 緒方稔二 | ||||||
| 鷹宮由貴 | ||||||
| 104 | ||||||
| おしかけ女房 | 105 | 1985年 | 鞍部家 | 鞍部十郎 | イズミジュウロウ | 鞍部十郎 |
| 薬師寺恵 | ||||||
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| 新たな居候 | 115 | 1985年 | 鞍部家 | 鞍部十郎 | イソウロウ | 鞍部十郎 |
| 薬師寺恵 | ||||||
| 南奈津乃 | ||||||
| 三浦慶太郎 | ||||||
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| なっちゃんがいない | 132 | 1985年 | 咲良高校新校舎廊下 | 鷹宮由貴 | プロローグ | 冬坂五百里 |
| 薬師寺恵 | ||||||
| 如月兎美 | ||||||
| 鷹宮由貴 | ||||||
| 東雲諒子 | ||||||
| 手出しをするな | 133 | 1985年 | 蒼井区御形通り | 鷹宮由貴 | プロローグ | 鷹宮由貴 |
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| 不思議な喋るネコ | 145 | 1985年 | 咲良高校階段の踊り場 | 薬師寺恵 | プロローグ | 鞍部十郎 |
| 薬師寺恵 | ||||||
| 銃撃戦の夢の話 | 146 | 1985年 | 咲良高校理科室 | 鞍部十郎 | エイガ | 鞍部十郎 |
| 冬坂五百里 | ||||||
| 郷登蓮也 | ||||||
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| 学ラン狩りの比治山 | 156 | 1985年 | 花楓川土手 | 比治山隆俊 | プロローグ | 比治山隆俊 |
| 緒方稔二 | ||||||
| 日常への違和感 | 157 | 1985年 | 咲良高校新校舎教室 | 鞍部十郎 | プロローグ | 鞍部十郎 |
| 冬坂五百里 | ||||||
| 如月兎美 | ||||||
| 投薬記録 | 158 | 1985年 | 咲良高校保健室 | 鞍部十郎 | プロローグ | 鞍部十郎 |
| 13番機兵起動 | 159 | 1985年 | 芥屋木町商店街 | 鞍部十郎 | プロローグ | 鞍部十郎 |
| 三浦慶太郎 | ||||||
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| 手伝ってくれないか | 161 | 1985年 | 緋衣町廃工場裏 | 比治山隆俊 | プロローグ | 比治山隆俊 |
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| イズミジュウロウ | 200 | 1985年 | 咲良高校 階段の踊り場 | 鞍部十郎 | イズミジュウロウ | 鞍部十郎 |
| 薬師寺恵 | ||||||
| 郷登蓮也 | ||||||
| 恐ろしい夢の話 | 201 | 1985年 | 網口の自室 | 鞍部十郎 | アクム | 鞍部十郎 |
| 網口愁 | ||||||
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| まっさらな目覚め | 257 | 1985年 | 裏路地 | 関ケ原瑛 | プロローグ | 関ケ原瑛 |
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| セキガハラエイ | 263 | 1985年 | 雑居ビル屋上 | 関ケ原瑛 | プロローグ | 関ケ原瑛 |
| 自分からのメッセージ | 264 | 1985年 | 花楓川土手 | 関ケ原瑛 | プロローグ | 関ケ原瑛 |
| 鷹宮由貴 | ||||||
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| はじまり | 287 | 1985年 | 蒼井区御形通り | 鞍部十郎 | プロローグ | 鞍部十郎 |
| 冬坂五百里 | ||||||